《伤寒论条辨》：方有执历 20 余年之艰难，著成《伤寒论条辨》一书，该书初稿成于明朝万历壬午年（1582 年），经修改定稿于万历己丑年（1589 年）刊刻于万历二十一年（1593）。

方氏认为《伤寒论》一乱于王叔和的重编，再乱于成无己的注释，失去仲景原著伤寒兼杂病的完整性。遂予重新编注、考订，并调整了若干条原文的篇次，删去了《伤寒例》一篇，将太阳病纳为 “风伤卫、寒伤营、风寒两感、营卫俱伤” 三种。突出了太阳病三纲鼎立学说。较王叔和本加强了条理性和系统性，这种倡言错简的观点对后世影响很大，许多名家纷纷响应，蔚然而成错简重订伤寒学派。推动了《伤寒论》研究向纵深发展。全书条辨《伤寒论》六经篇文比较详明，在《伤寒论》注本中卓有影响。

在刊刻前一年，方氏已达 71 岁高龄，但为了使书更臻完美，他不顾年老目昏，花了一年功夫详细审订，方始付梓，反映了方氏做学问一丝不苟的精神，除《伤寒条辨》八卷外，他还著有《本草钞》一卷，《或问》一卷，《痉书》一卷，均附于《伤寒论条辨》后，一并付梓。现存明万历刻本，及多种清刻本。1949 年后有排印本。