《神奇秘谱》全书共分三卷。上卷称《太古神品》，收十六首作品。在各曲之前都写有详尽的题解，将琴曲的渊源演变情况和乐曲的表现内容作了介绍，段落、指法、音位也标写的很清楚。此谱是研究古琴音乐的重要资料，具有很高的使用价值和史料价值。编者认为这些『乃太古之操，昔人不传之秘』，他有意从当时传曲中选择了历史价值较高的『太古』传谱。如《广陵散》是『世有二谱』。编者通过比较， 『以是谱为正，故取之』。又如宋代『分《高山》为四段，《流水》为八段』，而编者则采用了『不分段数』的唐代传谱。这些古谱当时已经无人传授，所以编者未能为之点出句读，其谱式和章法都保存有更多的古代特征。

    中、下卷称《霞外神品》，收四十八曲。这些传谱是编者『昔所受之曲』，其中有源於汉代的《雉朝飞》、《楚歌》；有据晋代笛曲改编的《梅花三弄》，有传自南北朝西曲民歌的《乌夜啼》，有唐代流行的《大胡笳》，还有南宋浙派名师郭沔（郭楚望）的《潇湘水云》、毛敏仲的《樵歌》等。这一部分作品曾经长期活跃於古代琴坛，具有旺盛的艺术生命力。编者通过师承授受，具有实地演奏的体会，所以『俱有句点』，其谱式也与上卷多有不同。这两卷命名为『霞外』，是因为宋代浙派有一部规模巨大的《紫霞洞琴谱》，收四百馀曲，在它的影响下，元代编有《霞外琴谱》一书。标为『霞外』，表示它直接渊源於共宋、元浙派，继承了历史上声望最高的传谱。 

琴谱共收录《遁世操》、《广陵散》、《华胥引》、《古风操》、《高山》、《流水》、《阳春》、《玄默》、《招隐》、《酒狂》、《获麟》、《秋月照茅亭》、《山中思友人》、《小胡笳》、《广寒游》、《梅花三弄》、《忘机》、《长清》、《短清》、《白雪》、《猗兰》、《樵歌》、《乌夜啼》、《大胡笳》、《离骚》、《秋鸿》等六十三首琴曲。